Quando aplicada no caso do 'mensalão', a teoria do domínio do fato foi acatada pelo então procurador-geral da República Roberto Gurgel, que fez sua defesa durante o julgamento no STF. A aplicação da tese se baseou no fato de que, como ocupante de um cargo hierárquico superior, Dirceu tivesse conhecimento total dos acontecimentos em níveis inferiores, e por isso deveria ser condenado como mentor, ou 'operador' do esquema de corrupção que a maioria dos ministros confirmou existir – o de compra de votos no Congresso Nacional.
De acordo com o próprio criador da teoria, no entanto, o jurista alemão Claus Roxin, ela deve ser aplicada apenas em hierarquias de organizações fora da lei. Ou seja: deve servir para punir os responsáveis pelas ordens e as pessoas que as executam em uma estrutura hierarquizada ilegal. Não pode ser usada, por exemplo, em crimes empresariais, que são estruturas que atuam dentro da lei, segundo Roxin.